Una de las ventajas de Java es ser multiplataforma que le permite trasladar su código entre plataformas gracias a la máquina virtual (JVM).
Pero hay veces que necesitamos hacer cosas sobre el sistema operativo anfitrión, en esos casos se complica la cosa... se puede solucionar de varias formas como: haciendo que lance un script, creando un socket que se conecte a otro lenguaje de programación que actúe en local, etc. pero casi todas esas opciones implican lentitud u otros problemas o efectos laterales.